Pondok Pesantren Subulus Salam di Balikpapan biasanya mengadakan berbagai kegiatan, antara lain:
- Pembelajaran Agama: Pengajaran kitab-kitab klasik, tafsir, fiqh, dan aqidah.
- Kegiatan Ibadah: Shalat berjamaah, pengajian rutin, dan kegiatan keagamaan lainnya.
- Pelatihan Keterampilan: Program pengembangan keterampilan seperti komputer dan bahasa.
- Kegiatan Sosial: Bakti sosial dan pengabdian masyarakat untuk meningkatkan kepedulian sosial santri.
- Kegiatan Olahraga dan Seni: Mengadakan perlombaan olahraga dan seni untuk mengembangkan bakat santri.